Su fundación se hizo posible con apoyo financiero de la Coordinación de la Investigación Científica de la UNAM y del CONACyT por medio del marco para Laboratorio Nacionales. Además de dos espacios adecuados para la construcción de los laboratorios, el IF-UNAM destinó dos de las plazas otorgadas por la Dirección General del Personal Académico dentro del Sub-programa de Incorporación de Jóvenes Académicos de carrera de la UNAM.

La construcción de los laboratorios de Gases Cuánticos y, de Átomos Fríos y Óptica Cuántica comenzó en junio del 2014 con la incorporación de los investigadores Jorge Seman y Daniel Sahagún.